As bactérias são organismos vivos, enquanto os vírus precisam de uma célula hospedeira para se reproduzirem. As bactérias podem, portanto, ser tratadas com antibióticos, enquanto uma infeção viral é difícil de tratar com medicamentos. 

Cada bactéria e cada vírus tem a sua própria forma de nos deixar doentes, mas tirando isso, não têm absolutamente nada em comum. As bactérias são organismos vivos unicelulares microscopicamente pequenos, com metabolismo próprio e capacidade de reprodução. Se demasiadas bactérias entrarem no corpo humano, podem deixar-nos doentes e, na pior das hipóteses, resultar em morte. Antibióticos são os medicamentos usados ​​para inibir seu progresso. 

Os vírus, em comparação, têm uma estrutura muito simples e, em rigor, não são organismos vivos. 

• Tamanho: As bactérias são muito maiores que os vírus.
• Estrutura: Os vírus possuem uma estrutura muito simples. Não possuem células próprias, nem metabolismo próprio, em rigor, não são organismos vivos. As bactérias são organismos vivos, têm uma parede celular adequada e uma estrutura interna.
• Reprodução: Os vírus não se reproduzem sozinhos. Invadem células humanas e usam-nas como hospedeiros – sem isso, morrem. As bactérias reproduzem-se de forma independente, por divisão celular.
• Transmissão de doenças: Os vírus e as bactérias deixam-nos doentes de diferentes formas. Os vírus destroem as células do nosso corpo. As bactérias causam danos, por exemplo, através de subprodutos metabólicos tóxicos.
• Tratamento: Uma infeção bacteriana é tratada com antibióticos, que atacam as estruturas das bactérias, garantindo que sejam destruídas. Em comparação, os vírus são difíceis de tratar com medicamentos. Os antibióticos não são apropriados porque os vírus não têm metabolismo ou parede celular próprios. Antivirais específicos só são eficazes contra certos de tipos de vírus individuais. Se as próprias defesas do nosso corpo conseguirem combater o vírus, muitas vezes ficamos imunes e não somos mais infetados pelo patógenio.

Outra grande diferença entre vírus e bactérias é que nem todas as bactérias nos deixam doentes; algumas bactérias são vitais para a vida humana. 

O corpo humano possui aproximadamente 15 vezes mais bactérias do que as suas próprias células. Isso é um total de cerca de 100 bilhões de bactérias. As bactérias são essenciais para a vida, especialmente para o nosso sistema digestivo, que simplesmente não seria capaz de funcionar sem elas. O nosso intestino é o lar de um número particularmente grande de bactérias. A sua presença auxilia na produção de ácidos, gorduras e diversas vitaminas. Por exemplo, a vitamina B12, extremamente importante para o corpo, só pode ser produzida por bactérias intestinais. 

As bactérias são, portanto, simplesmente uma parte essencial de nossas vidas.